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Ingénieur en Biologie des Systèmes

  • Type de contrat : CDD de 12 mois
  • Niveau de rémunération : selon expérience
  • Etablissement : CHU de Nantes
  • Lieu d’exercice : Institut du Thorax à 20% - LINA à 80%
  • Prise de fonction : dès que possible

Contexte

SyMeTRIC (http://symetric.univ-nantes.fr) est un projet de fédération régional en médecine systémique soutenu par la région Pays de la Loire. Ce projet est à l’initiative des CHUs de Nantes et Angers, des Universités de Nantes et Angers et de l’Institut de Cancérologie de l’Ouest. Au delà de ce périmètre, SyMeTRIC implique les chercheurs en sciences du numérique et de la santé de l’Ecole de Mines de Nantes, de l’Ecole Centrale de Nantes, du CNRS et de l’INSERM.

L’équipe COMBI (Combinatoire et Bioinformatique) du LINA est une équipe de recherche en Bioiinformatique) qui développe des méthodes mathématiques et algorithmiques pour modéliser et résoudre des problèmes issus de la génomique comparative et de la biologie des systèmes (http://www.lina.univ-nantes.fr/-COMBI-.html ).

L’équipe MeForBio (Méthodes Formelles pour la Bioinformatique) de l’IRCCyN est une équipe de recherche en bioinformatique dans le domaine de la formalisation, du raisonnement automatique et du traitement des données et des systèmes biologiques à large échelle (http://www.irccyn.ec-nantes.fr/fr/equipes/meforbio).

L’objectif du projet est de constituer un environnement virtuel de recherche (VRE) multi-sites dédié aux approches intégratives et prédictives en biologie-santé. Un enjeu primordial consiste à proposer un environnement web MaaS (Models-As-A-Service), dédié aux chercheurs et médecin pour l’exploration, la génération, et l’évaluation algorithmique d’hypothèses biologiques. Ce VRE s’appuiera sur des technologies d’intégration de données (fouille de données, algorithmique des graphes, web sémantique) et de calcul distribué haute performance (moteur de workflows Galaxy, cloud OpenStack).

Activités

En collaboration avec les chercheurs en informatique et en santé du projet, l’ingénieur(e) recruté(e) aura pour objectif de produire, d’analyser et de visualiser des graphes de connaissances sur les interactions et régulations biologiques, à partir de différentes sources d’information (KEGG, Chebi, Reactome, PID, MetaCyc, etc.), à différents échelles (signalisation, transcription, métabolisme, fonctions cellulaires).

L’ingénieur(e) recruté(e) aura pour principales missions :

  • de constituer une base de données inter-opérable de graphes de régulations intégrant des connaissances de sources de données publiques (Linked Open Data et NIH PID en particulier) ;
  • de proposer des méthodes de recherche et d’intégration de connaissances dans ce graphe, en particulier sur les relations de type “facteurs de transcription / genes” ;
  • d’intégrer des outils de visualisation sur ces graphes de connaissances ;
  • d’intégrer les développements dans une interface web couplée à l'environnement de workflows scientifiques (Galaxy) ;
  • de participer à la diffusion et la valorisation des méthodes et résultats du projet SyMeTRIC.

Compétences

  • Formation d’Ingénieur ou de Master 2 en informatique ou bio-informatique
  • Expérience des méthodologies de développement logiciel, et d’au moins un langage de programmation tel que Java, Python ou C++, la connaissance de bases de données. La connaissance des technologies Web ou du Web Sémantique serait un plus.
  • Fort intérêt pour les applications en biologie/santé.
  • Maitrise de l’anglais oral et écrit.
  • Capacité de synthèse et rédactionnelle, curiosité, autonomie, initiative, sens de l’organisation et du travail en équipe.

Candidature déjà pourvue

job_sys_bio.txt · Last modified: 2016/09/06 10:18 by gaignard