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Emplois / Job offers
- Ingénieur en bio-mathématiques / bio-statistiques (déjà pouvue)
- Ingénieur en biologie des systèmes (déjà pouvue)
SyMeTRIC (http://symetric.univ-nantes.fr) est un projet de fédération régional en médecine systémique soutenu par la région Pays de la Loire. Ce projet est à l’initiative des CHUs de Nantes et Angers, des Universités de Nantes et Angers et de l’Institut de Cancérologie de l’Ouest. Au delà de ce périmètre, SyMeTRIC implique les chercheurs en sciences du numérique et de la santé de l’Ecole de Mines de Nantes, de l’Ecole Centrale de Nantes, du CNRS et de l’INSERM.
L’équipe COMBI (Combinatoire et Bioinformatique) du LINA est une équipe de recherche en Bioiinformatique) qui développe des méthodes mathématiques et algorithmiques pour modéliser et résoudre des problèmes issus de la génomique comparative et de la biologie des systèmes (http://www.lina.univ-nantes.fr/-COMBI-.html ).
L’équipe MeForBio (Méthodes Formelles pour la Bioinformatique) de l’IRCCyN est une équipe de recherche en bioinformatique dans le domaine de la formalisation, du raisonnement automatique et du traitement des données et des systèmes biologiques à large échelle (http://www.irccyn.ec-nantes.fr/fr/equipes/meforbio).
L’objectif du projet est de constituer un environnement virtuel de recherche (VRE) multi-sites dédié aux approches intégratives et prédictives en biologie-santé. Un enjeu primordial consiste à proposer un environnement web MaaS (Models-As-A-Service), dédié aux chercheurs et médecin pour l’exploration, la génération, et l’évaluation algorithmique d’hypothèses biologiques. Ce VRE s’appuiera sur des technologies d’intégration de données (fouille de données, algorithmique des graphes, web sémantique) et de calcul distribué haute performance (moteur de workflows Galaxy, cloud OpenStack).
En collaboration avec les chercheurs en informatique et en santé du projet, l’ingénieur(e) recruté(e) aura pour objectif de produire, d’analyser et de visualiser des graphes de connaissances sur les interactions et régulations biologiques, à partir de différentes sources d’information (KEGG, Chebi, Reactome, PID, MetaCyc, etc.), à différents échelles (signalisation, transcription, métabolisme, fonctions cellulaires).
L’ingénieur(e) recruté(e) aura pour principales missions :