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Ingénieur en Mathématiques - Statistiques

  • Type de contrat : CDD de 12 mois
  • Niveau de rémunération : selon expérience
  • Etablissement : Institut de Cancérologie de l’Ouest (ICO)
  • Lieu d’exercice : ICO à 80% - Institut du Thorax à 20%
  • Prise de fonction : dès que possible

Contexte

SyMeTRIC (http://symetric.univ-nantes.fr) est un projet de fédération régional en médecine systémique soutenu par la région Pays de la Loire. Cette approche systémique de la médecine est fortement inspirée par la biologie des systèmes. Elle vise à intégrer différentes sources d'information pour construire et valider des modèles et marqueurs pathologiques, permettant d'anticiper et d'améliorer la prise en charge et le suivi des patients (diagnostique, prédiction de réponse à un traitement, pronostique). Cette nouvelle approche multidisciplinaire de la médecine s'appuie sur les sciences et technologies du numérique pour mieux exploiter la production massive de données biomédicales hétérogènes.

Ce projet est à l’initiative des CHUs de Nantes et Angers, des Universités de Nantes et Angers et de l’Institut de Cancérologie de l’Ouest. Au-delà de ce périmètre, SyMeTRIC implique également les chercheurs en numérique et santé de l’Ecole de Mines de Nantes, de l’Ecole Centrale de Nantes, du CNRS et de l’INSERM.

L’équipe de Bioinfomique de l’Institut de Cancérologie de l’Ouest est spécialisée dans l’analyse multidimensionnelle de données issues de techniques de criblage à haut débit, et plus particulièrement de transcriptomique. Elle traite et valorise scientifiquement des données internes et effectue des analyses in silico à partir d’une base de données clinico-génomique incluant plus de 6.000 patientes atteintes d’un cancer du sein. L’outil web « bc-GenExMiner » a pu être développé grâce à cette expertise.

L’objectif du projet SyMeTRIC est de constituer un environnement virtuel de recherche (VRE) multi-sites dédié aux approches intégratives et prédictives en biologie-santé. Un enjeu primordial consiste conjointement à exploiter de multiples sources de données hétérogènes en santé, à la fois locales, de la littérature scientifique et du domaine public en général. Ces données doivent être normalisées pour être numériquement comparables, et décrites symboliquement (métadonnées) pour faciliter leur indexation et réutilisation.

Activités

Dans un environnement contrôlé, et en collaboration avec les chercheurs en mathématiques/statistiques, en informatique et en santé du projet, l’ingénieur(e) recruté(e) aura pour objectif i) de développer des méthodes de normalisation de données d’expression (puces à ADN et RNA-seq) et ii) de décrire sémantiquement les jeux de données disponibles pour une utilisation secondaire en s’appuyant sur des ontologies et vocabulaires de référence.

L’ingénieur(e) recruté(e) aura pour principales missions :

  • d’étudier l’état de l’art des méthodes de normalisation de données d’expression de gènes obtenues par hybridation et RNAseq ;
  • d’harmoniser les distributions des données d’hybridation et RNAseq en vue de réaliser des analyses sur ces données fusionnées ;
  • de constituer un catalogue de données d’expression d’intérêt réutilisables dans un autre contexte que le cancer du sein ;
  • de rendre interrogeable ce catalogue, dans un environnement contrôlé, en s’appuyant sur les standards du W3C (Web Sémantique) ;
  • de participer à la diffusion et la valorisation des méthodes et résultats du projet SyMeTRIC.

Profil recherché

  • Formation d’Ingénieur ou de Master 2 en mathématiques : probabilités/statistiques avec module de bioinformatique. En particulier, très bonnes connaissances théoriques et appliquées des lois de probabilité et des processus aléatoires.
  • Fort intérêt pour les applications en santé.
  • Connaissance d’au moins un langage de programmation tel que R, Java ou Python. La connaissance des technologies Web ou du Web Sémantique serait un plus.
  • Maitrise de l’anglais oral et écrit.
  • Capacité de synthèse et rédactionnelle, curiosité, autonomie, initiative, sens de l’organisation et du travail en équipe.

Candidature

job_ing_math.txt · Last modified: 2016/02/08 15:52 by gaignard